Avis n°2024.0073/AC/SEAP du 12 décembre 2024 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex dans la prise en charge médicale des infections respiratoires basses
Le collège de la Haute Autorité de santé ayant valablement délibéré en sa séance du 12 décembre 2024,
Vu le code de la sécurité sociale, notamment son article L. 162-1-7 ;
Vu la liste des actes et prestations adoptée par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 11 mars 2005, modif iée ;
Vu la liste des actes et prestations pour la partie relative aux actes de biologie médicale, telle qu’elle a été déf inie par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 4 mai 2006, modifiée ;
Vu la saisine pluriannuelle de la Direction générale de l’offre de soins (DGOS) du 27 octobre 2021 ;
Vu le rapport d’évaluation technologique intitulé « Intérêt des techniques d’amplification des acides nucléiques (TAAN) dans la prise en charge médicale des inf ections respiratoires basses » adopté par la décision n°2024.0349/DC/SEAP du 12 décembre 2024 du collège de la Haute Autorité de santé ;
ADOPTE L’AVIS SUIVANT :
Considérant l’ensemble des éléments recueillis et analysés dans le rapport d’évaluation technologique susvisé, à savoir :
‒ les conclusions de l’analyse critique de la littérature synthétique disponible ;
‒ les points de vue des experts, parties prenantes et des institutions publiques sollicités ;
considérant que ces éléments ont permis de montrer pour les techniques d’amplifications des acides nucléiques (TAAN) multiplex :
‒ de meilleures performances diagnostiques pour la détection des agents infectieux comparativement aux méthodes traditionnelles ;
‒ un impact organisationnel favorable eu égard au gain de temps apporté par la technique ;
‒ une amélioration du parcours de soins des patients en réduisant les délais d’attente aux urgences et la durée d’hospitalisation, tout en f acilitant l’isolement rapide des patients porteurs de virus respiratoires ;
‒ une amélioration de la stratégie thérapeutique en termes de réduction de l’antibiothérapie et de diminution de la durée d’hospitalisation en comparaison des techniques conventionnelles de microbiologie ;
considérant que la recherche syndromique d’agents pathogènes à identifier dans les infections respiratoires basses par TAAN multiplex repose sur l’utilisation de trois panels permettant d’ajuster les examens diagnostiques selon le contexte clinique et dont la composition pertinente en vue du remboursement est :
‒ pour le panel quadriplex, les agents détectés : Influenza A, Influenza B, VRS, SARS-CoV-2 ;
‒ pour le panel multiplex sur prélèvement haut :
‒ les virus détectés : Influenza A/B, VRS, SARS-CoV-2, Parainfluenza 1/2/3/4, Adénovirus, Rhinovirus, Entérovirus, Bocavirus, Métapneumovirus, Coronavirus NL63, 229E, OC43, HKU1 ;
‒ les bactéries atypiques détectées : Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis ;
‒ pour le panel multiplex étendu sur prélèvement bas :
‒ les virus détectés : Adénovirus, Coronavirus 229E, NL63, OC43, HKU1, Métapneumovirus humain, Rhinovirus/entérovirus humain, Virus de la grippe A/B, Virus parainfluenza, VRS ;
5 avenue du Stade de France – F 93218 Saint-Denis La Plaine CEDEX – Tél. : +33(0) 1 55 93 70 00 www.has-sante.fr - N° SIRET : 110 000 445 00020 – code APE : 8411 Z

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‒ les bactéries atypiques détectées : Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae,
‒ les bactéries détectées : Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complexe, Enterobacter cloacae complexe, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae groupe, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, S erratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes ;
‒ les déterminants de résistance détectés : IMP, KPC, NDM, OXA-48, VIM, CTX-M, mecA/C, MREJ ;
la Haute Autorité de santé est favorable à l’inscription sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex réalisé chez des patients présentant des inf ections respiratoires basses dans les situations cliniques suivantes :
‒ pneumonie aiguë communautaire en milieu hospitalier :
‒ le recours au panel quadriplex est recommandé en période épidémique pour une recherche des agents pathogènes chez les patients hospitalisés ou admis aux urgences¹ (Service Attendu (SA) suf f isant et Amélioration de Service Attendu (ASA) de niveau III) ;
‒ le recours au panel multiplex sur prélèvement haut est recommandé chez les patients hospitalisés (SA suf f isant et ASA de niveau III) : (i) en cas de suspicion d’une bactérie pathogène atypique, notamment M.pneumoniae, (ii) ou si la détection d’un virus non inclus dans le panel quadriplex peut influencer la prise en charge (adaptation du traitement ou isolement) ou (iii) chez les patients immunodéprimés. Ce panel peut être réalisé en première intention ou après un résultat négatif du panel quadriplex ;
‒ le recours au panel multiplex étendu sur prélèvement bas est recommandé chez les patients hospitalisés pour une pneumonie grave nécessitant une antibiothérapie non conventionnelle autre qu’une association céphalosporine de 3ème génération (C3G) et macrolide (SA suf f isant et ASA de niveau III) ;
‒ exacerbations aiguës de BPCO : il est recommandé de réserver l’utilisation des TAAN (panel multiplex sur prélèvement haut et/ou panel multiplex étendu sur prélèvement bas) aux patients hospitalisés en soins critiques (SA suf f isant et ASA de niveau III).
En revanche, la HAS est défavorable à l’inscription sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex dans les situations suivantes :
‒ pneumonie aiguë communautaire : dans le cadre de la prise en charge des patients en ambulatoire (SA insuf f isant) ;
‒ exacerbations aiguës de bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) : dans le cadre de la prise en charge standard, qu’elle soit réalisée en ambulatoire ou en hospitalisation hors soins critiques (SA insuf f isant) ;
‒ bronchite aiguë : dans le cadre de la prise en charge standard (SA insuf f isant) ;
‒ bronchiolite aiguë du nourrisson : dans le cadre de la prise en charge standard (SA insuf f isant).
Exigences de perf ormances diagnostiques Les perf ormances de la détection de chaque agent du panel devront tendre vers une sensibilité minimale de 90 % et une spécif icité minimale de 95 %.
Si pour des raisons techniques les perf ormances diagnostiques requises ne sont pas atteignables pour un agent, celles-ci devront au moins être égales à celles de la TAAN simplex correspondante, dans la mesure où celles -ci sont cliniquement satisf aisantes. Dans ce cas de f igure, il appartient au biologiste de reconf irmer le résultat par le test conventionnellement utilisé.
Conditions de réalisation La HAS rappelle que :
‒ les TAAN multiplex doivent être effectuées comme tout test diagnostique après examen clinique du patient ;
‒ les TAAN multiplex ont des performances diagnostiques intrinsèquement liées à la qualité du prélèvement et en f onction de la f enêtre de détection des acides nucléiques spécif ique des agents concernés. Un prélèvement réalisé en dehors des conditions optimales peut altérer la sensibilité analytique, augmentant ainsi le risque de f aux-négatifs et compromettant l’interprétation clinique des résultats ;
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‒ leurs résultats doivent être rendus dans un délai compatible avec la prise en charge médicale optimale du patient.
La HAS rappelle l’importance de bien connaître les limites des TAAN multiplex afin d’utiliser ces dernières de manière optimale :
‒ les TAAN multiplex ne peuvent détecter d’autres agents que ceux inclus dans chaque panel ;
‒ les TAAN multiplex détectent avec une forte sensibilité les acides nucléiques cibles (ADN ou ARN) et ne permettent donc pas d’évaluer la viabilité ou l’infectiosité du pathogène détecté. En conséquence, elles ne permettent pas de distinguer une inf ection d’un simple portage ;
‒ toutes les TAAN multiplex n’offrent pas de documenter les valeurs de Ct ; aussi, dans la grande majorité des cas, le résultat est uniquement qualitatif ;
‒ la détection de multiples pathogènes est en mesure de compliquer le diagnostic et l’interprétation des résultats obtenus peut s’avérer délicate (co-infections, portage asymptomatique), d’où la nécessité d’un dialogue clinicien-biologiste adapté pour l’interprétation des résultats.
Le présent avis sera publié au Bulletin of f iciel de la Haute Autorité de santé.
Fait le 12 décembre 2024.
Pour le collège : Le président de la Haute Autorité de santé, P^R LIONEL COLLET Signé

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1. DA COMPARE FOOTNOTE PAGES
¹ Dans le contexte des services d’urgence, le test est strictement réservé aux patients symptomatiques présentant des signes respiratoires évocateurs (fièvre isolée et/ou manifestations récentes des voies respiratoires hautes ou basses) et pour lesqu els une hospitalisation est envisagée.