Le service dont dépend l'agent habilité informe le détenteur des échantillons des résultats d'analyse de l'échantillon.
Si l'analyse a établi que l'échantillon n'est pas conforme à la réglementation, le détenteur est informé qu'il peut faire réaliser, à ses frais, une contre-analyse par un laboratoire présentant des garanties d'indépendance, de compétence et d'impartialité.
Ce laboratoire vérifie, avant toute analyse, l'intégrité du scellé apposé sur l'échantillon qu'il a reçu. Il procède à l'analyse dans le respect de la réglementation applicable.
Si la contre-analyse infirme le résultat de la première analyse, le détenteur peut faire réaliser à ses frais une analyse du troisième échantillon par le laboratoire national de référence, au sens du règlement (UE) 2017/625 du Parlement européen et du Conseil du 15 mars 2017 concernant les contrôles officiels et les autres activités officielles servant à assurer le respect de la législation alimentaire et de la législation relative aux aliments pour animaux ainsi que des règles relatives à la santé et au bien-être des animaux, à la santé des végétaux et aux produits phytopharmaceutiques, compétent dans le domaine d'analyse considéré.
Le résultat de cette dernière analyse est le seul pris en compte pour décider des mesures consécutives au contrôle.
Si le propriétaire ou le détenteur décide de ne pas faire procéder à une analyse du troisième échantillon par le laboratoire national de référence, le résultat de la première analyse officielle prévaut sur celui de la contre-analyse.