La commission régionale se dote d'un règlement intérieur fixant, notamment, les règles de quorum. Le règlement intérieur est adopté lors de la première réunion de la commission régionale pour l'intégration et la lutte contre les discriminations suivant la nomination de ses membres. A défaut, le préfet de région met en vigeur, jusqu'à l'adoption du règlement intérieur par la commission régionale, un règlement provisoire conforme à un modèle adopté par le conseil d'administration de l'établissement.
Le règlement est approuvé par le directeur général du fonds d'action et de soutien pour l'intégration et la lutte contre les discriminations.