Article 3 du Décret n°63-1015 du 7 octobre 1963 relatif aux conditions dans lesquelles doivent être établies les conventions prévues à l'article 6 de l'ordonnance n° 58-1373 du 30 décembre 1958.

Les difficultés survenant à l'occasion de la conclusion, du renouvellement ou de l'application des conventions sont soumises à une commission de conciliation présidée par le préfet du département siège du centre hospitalier et universitaire et comprenant le doyen de la faculté ou le directeur de l'école nationale, le président de la commission administrative ou du conseil d'administration du centre hospitalier régional ou son représentant, le représentant légal de l'hôpital ou organisme partie à la convention.
En ce qui concerne les conventions avec la faculté de médecine de Paris et l'administration de l'assistance publique à Paris, le directeur général de cette administration siège au lieu et place du président du conseil d'administration.
Lorsque le représentant légal de l'hôpital ou organisme partie à la convention est le préfet, il est représenté, à ce titre, au sein de la commission par le directeur de l'hôpital ou organisme.
Lorsque la commission de conciliation se réunit pour régler des difficultés d'ordre financier, le trésorier-payeur général du département de la ville siège du centre hospitalier et universitaire intéressé est obligatoirement convoqué à la réunion de ladite commission afin d'y faire connaître son avis. Lorsque la convention intéresse le centre hospitalier et universitaire de Paris, sont convoqués afin de faire connaître leur avis le receveur général de la Seine et le contrôleur financier de l'assistance publique à Paris.
A défaut d'accord au sein de la commission de conciliation, les difficultés sont soumises au ministre de l'éducation nationale et au ministre de la santé publique et de la population, qui statuent par décision commune.