Une comparaison est effectuée entre les primes et indemnités diverses perçues avant la mutation autres que celles évoquées ci-dessus, et qui ne se retrouveraient pas à l'identique dans les autres établissements (taux, montant, appellation), et les indemnités perçues dans la nouvelle affectation.
La différence constatée est compensée par une majoration de la prime de rendement, dans le respect du plafond réglementaire des 32 % (en aucun cas le fait d'attribuer un taux supérieur au taux moyen de l'établissement ne peut avoir pour effet de baisser le montant de la prime de rendement des ouvriers déjà en fonction dans l'établissement d'accueil). Cette compensation concerne notamment les primes horaires versées en fonction des heures de travail effectif aux agents déjà en service à la date d'effet de l'instruction interministérielle n° 302437/DEF/SGA/DFP/PER/3 du 14 septembre 2000 relative à l'attribution des primes de sujétions susceptibles d'être allouées à certains ouvriers de l'Etat. Sont exclues par contre les indemnités allouées en remboursement de frais telles que la prime de panier et les frais de déplacements.
Le montant de la prime de rendement correspondant à cette compensation, maintenu la première année, peut par la suite diminuer d'un maximum de 2 % par an, dans la limite de l'évolution du bordereau de salaire, jusqu'à être entièrement résorbé.