Les prêts spéciaux de modernisation visés aux articles R. 344-13 et suivants du code rural sont assortis d'un taux d'intérêt de 3 % si l'exploitation de l'emprunteur est située dans les zones agricoles défavorisées définies par les articles R. 113-13 à R. 113-17 du code rural, et de 4 % en dehors de ces zones, pendant la période au cours de laquelle ils bénéficient d'une bonification.
Toutefois, pour les exploitations agricoles qui ont déposé leur plan d'investissements dans les cinq années suivant leur installation et qui bénéficient des aides à l'installation des jeunes agriculteurs prévues à l'article R. 343-4 du code rural, les prêts spéciaux de modernisation consentis pendant la durée du plan sont assortis d'un taux d'intérêt de 2 % si l'exploitation de l'emprunteur est située dans les zones agricoles défavorisées et de 3,5 % en dehors de ces zones.