Les fonctions d'agent comptable, chef des services de la comptabilité, sont confiées soit à un comptable direct du Trésor, soit à un comptable spécial. Le comptable spécial est nommé par le préfet sur proposition du conseil d'administration, après avis du trésorier-payeur général. Il ne peut être remplacé ou révoqué que dans les mêmes formes.
L'agent comptable peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents qu'il constitue ses fondés de pouvoir par une procuration régulière.