Le délégué territorial de l'agence dans le département chef-lieu de région transmet chaque année le bilan d'activité de l'accompagnement des collectivités territoriales pour mener à bien leurs projets de territoire au directeur général de l'agence.
Il anime un comité régional des financeurs associant les représentants locaux des opérateurs membres du comité national de coordination. Ce comité régional a pour objet de mobiliser les crédits nécessaires pour accompagner les collectivités territoriales à réaliser leurs projets de territoire.
Lorsqu'un projet de territoire concerne plus d'un département, le préfet de région désigne un délégué territorial chargé de la coordination du projet.