L'agence est administrée par un conseil d'administration comprenant, outre son président nommé par décret et deux députés et deux sénateurs, des représentants :

1° Des ministres chargés, notamment, des affaires étrangères, de la coopération, de l'éducation et des finances, en nombre au moins égal à la moitié des sièges du conseil d'administration ;

2° De l'Assemblée des Français de l'étranger, des organismes gestionnaires d'établissements, des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger les plus représentatives, ainsi que des personnels affectés tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence. Le conseil d'administration comprend également un conseiller des Français de l'étranger non membre de l'Assemblée des Français de l'étranger, nommé sur proposition de cette dernière.

Le nombre de représentants des personnels affectés dans les établissements d'enseignement français à l'étranger et dans les services centraux de l'agence ainsi que le nombre de représentants des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger, dont au moins un représente les organismes gestionnaires des établissements conventionnés, sont chacun égaux au moins au tiers du nombre des représentants mentionnés au 2°.

Un représentant des associations d'anciens élèves de l'enseignement français à l'étranger, un représentant de l'Association nationale des écoles françaises à l'étranger et un représentant des associations de français langue maternelle participent au conseil d'administration en qualité d'experts, sans voix délibérative.