Lorsque l'académie comprend au moins un département côtier, le conseil académique de l'éducation nationale comporte une section spécialisée en matière maritime.
La présidence en est assurée, selon que les questions soumises aux délibérations de la section sont de la compétence de l'Etat ou de la région, par le préfet de région ou le président du conseil régional de la région dans le ressort géographique de laquelle se trouve située l'académie.
En cas d'empêchement du préfet de région ou du président du conseil régional, la section est présidée selon le cas par le directeur interrégional de la mer ou le conseiller régional, vice-président du conseil de l'éducation nationale.