Le recteur de la région académique, chancelier des universités, dans le ressort de laquelle l'établissement abritant la fondation a son siège assure les fonctions de commissaire du Gouvernement auprès de la fondation.
Il participe avec voix consultative aux réunions du conseil de gestion. Il peut se faire représenter à cette occasion. Il peut obtenir communication de tout document relatif à l'activité ou à la gestion de la fondation.