L'étudiant de troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques est évalué progressivement tout au long de sa formation, à l'issue de chaque stage ainsi qu'à l'issue de chaque phase, conformément à la maquette de formation de la spécialité suivie et des objectifs associés aux différentes phases mentionnées à l'article D. 633-11.
Les modalités d'évaluation du troisième cycle des études pharmaceutiques sont précisées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense et s'appuient, notamment, sur le contrat de formation défini à l'article D. 633-11-1.