Le directeur de l'établissement est nommé par arrêté des ministres chargés des sports et de la mer pour une durée de trois ans renouvelable une fois.

Il est choisi, après appel à candidatures publié au Journal officiel de la République française, parmi les personnalités ayant une compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, après avis d'une commission constituée chaque fois qu'il y a lieu de pourvoir à cette fonction. La composition de cette commission est fixée par arrêté des ministres chargés des sports et de la mer. Cette commission comprend au moins trois membres, dont le directeur des sports ou son représentant, le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture ou son représentant et le directeur de l'encadrement du ministère de l'éducation nationale ou son représentant.