La commission se compose du préfet de région, coordonnateur de bassin, ou de son représentant, des chefs de service déconcentrés de l'Etat siégeant au comité de bassin et, à parité du nombre de leurs membres :
1° Du collège des représentants des associations agréées au titre de la protection de la nature ;
2° Du collège de représentants des fédérations départementales des associations agréées de pêche et de pisciculture et des associations agréées de pêcheurs professionnels en eau douce ;
3° Du collège des représentants, à parité, des riverains, des collectivités locales situées en tout ou en partie dans le bassin, des catégories d'usagers au sens de l'article 13 de la loi n° 64-1245 du 16 décembre 1964 relative au régime et à la répartition des eaux et à la lutte contre leur pollution et des personnes qualifiées dans le domaine des milieux naturels aquatiques.
A l'exception des représentants des riverains et des personnes qualifiées dans le domaine des milieux naturels aquatiques, les membres des collèges sont désignés par le comité de bassin au sein de chacune des catégories fixées par l'article 1er du décret n° 66-699 du 14 septembre 1966 relatif aux comités de bassin, dans la limite du nombre de représentants de ces catégories siégeant au comité de bassin, et, pour le surplus, par les autorités ou les organismes chargés de désigner, en application de ce décret, les représentants des intérêts concernés au comité de bassin.
Les représentants des riverains et des personnes qualifiées dans le domaine des milieux naturels aquatiques sont désignés par le préfet de région, coordonnateur de bassin.