La commission se réunit sur convocation de son président et au moins une fois par an. Elle est obligatoirement convoquée dans le mois qui suit la demande du ministre chargé de la pêche en eau douce. Le président arrête l'ordre du jour des travaux et fixe la date des séances.
Le secrétariat de la commission est assuré par le préfet coordonnateur de bassin. Des rapporteurs désignés par le président de la commission sont chargés de l'étude et de la présentation des affaires inscrites à l'ordre du jour. Ils sont choisis à l'intérieur ou à l'extérieur de la commission.
Toute personne qualifiée peut être appelée à participer aux travaux de la commission avec voix consultative. Les présidents des fédérations départementales des associations agréées de pêche et de pisciculture des départements qui ne font pas partie de la circonscription de la commission sont consultés sur les problèmes se rapportant aux cours d'eau et plans d'eau du bassin hydrographique dont une partie est située dans leur département.