Le conseil d'administration de la fédération élit son bureau. L'élection du président et celle du trésorier sont soumises à l'agrément du préfet. Le retrait d'un de ces agréments par la même autorité, après avis du Conseil supérieur de la pêche, provoque une nouvelle élection du bureau.
Le président entre en fonctions à compter de la date de l'agrément de son élection. Lorsqu'il délègue à un membre du bureau ses pouvoirs relatifs aux agents du Conseil supérieur de la pêche mis à sa disposition, cette délégation doit recevoir l'agrément du préfet.