Le président du conseil d'administration reçoit une indemnité de fonctions dont le montant est fixé par le ministre de l'agriculture en accord avec les ministres chargés de l'économie et du budget.
Les membres du conseil d'administration n'ayant pas la qualité de fonctionnaires bénéficient d'indemnités correspondant aux frais de déplacement et de séjour effectivement supportés par eux à l'occasion des réunions du conseil, sur la base des taux des fonctionnaires appartenant au groupe I.