Le respect des engagements prévus dans les contrats d'agriculture durable et des conditions fixées à l'article R. 341-14 fait l'objet, à l'initiative du préfet, de contrôles sur pièces et sur place. Ces contrôles sont effectués par les services déconcentrés de l'Etat ou le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles, dans les conditions prévues par les articles 59 à 61 du règlement (CE) n° 445/2002 du 26 février 2002.
Le contractant doit permettre la réalisation de ces contrôles. S'il s'y oppose, les aides dont il bénéficie sont suspendues et le préfet peut résilier le contrat en demandant le remboursement de la totalité des aides perçues assorties des intérêts calculés au taux légal en vigueur.