Les opérations du Fonds national de garantie des calamités agricoles sont retracées, tant en recettes qu'en dépenses, dans une comptabilité distincte tenue par la Caisse centrale de réassurance.
Un arrêté du ministre chargé de l'économie détermine la liste et la forme des comptes retraçant ces opérations, ainsi que la manière dont leurs résultats sont centralisés.