Des conseils spécialisés sont créés en tant que de besoin au sein de l'office par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et, le cas échéant, conjointement par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'industrie, après avis du conseil de direction compétent.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget pris après avis du conseil de direction compétent, ou, le cas échéant, des deux conseils de direction, fixe la composition et les modalités de fonctionnement de chaque conseil spécialisé.
Le conseil de direction compétent détermine les missions confiées aux conseils spécialisés. Cependant, le ministre chargé de l'agriculture peut en tant que de besoin saisir directement les conseils spécialisés d'affaires particulières.
Les conseils spécialisés peuvent comporter des personnalités qui ne font pas partie du conseil de direction ainsi que des représentants d'organisations professionnelles représentatives ou d'intérêts économiques non représentés au conseil de direction.
Les présidents des conseils spécialisés sont nommés par le ministre chargé de l'agriculture après consultation du conseil spécialisé concerné. S'ils ne sont pas membres du conseil de direction, ils y siègent de droit avec voix consultative.
Chaque conseil spécialisé donne un avis sur les projets de décision qui lui sont soumis par le directeur.