Les crédits ont un caractère limitatif, à l'exception de ceux relatifs aux opérations de stockage et aux opérations communautaires. Ce caractère limitatif s'apprécie par chapitre et dans le cadre défini lors des notifications de crédits budgétaires par le ministre chargé de l'agriculture.
Lorsque les chapitres n'ont pas fait l'objet d'une présentation détaillée dans l'état prévisionnel des recettes et dépenses, le directeur général établit un état de répartition par articles, soumis au visa préalable du membre du corps du contrôle général économique et financier.
En cas d'urgence, les ministres chargés de l'agriculture, du budget et, le cas échéant, de la pêche ou de l'outre-mer peuvent autoriser des virements de crédits ou une modification de la programmation des autorisations d'engagement ou notifier à l'agence une dotation complémentaire. Les modifications ainsi apportées sont soumises ultérieurement pour avis à l'organe délibérant de l'agence.