L'établissement de l'élevage met en oeuvre des programmes de recherche appliquée et de recherche de références techniques et économiques en matière d'élevage soit pour le compte des instituts techniques nationaux prévus à l'article L. 653-12 en ce qui concerne les programmes de portée générale, soit de manière autonome en ce qui concerne les programmes d'intérêt local ou régional. Dans ce dernier cas, il soumet préalablement ses programmes à l'institut technique intéressé et lui en communique ultérieurement les résultats.
Les études et recherches de références économiques entreprises par l'établissement de l'élevage sont conduites en collaboration avec les organismes spécialisés, notamment avec les centres de gestion.