La durée du mandat des membres du comité de direction est fixée à trois ans. Les représentants des chambres d'agriculture sont renouvelables dans les trois mois suivant chacune des élections triennales prévues à l'article L. 511-7. Les représentants des groupements mentionnés au troisième alinéa de l'article R. 653-142 peuvent être renouvelés annuellement par tiers, la durée du mandat initial variant alors de un à trois ans.
En cas de cessation de fonction d'un membre du comité en cours de mandat, un remplaçant est désigné pour la durée du mandat restant à courir, en respectant la composition par catégorie fixée conformément au quatrième alinéa de l'article R. 653-142.
Le président de la chambre d'agriculture assiste de droit aux réunions du comité de direction ; ce droit est ouvert, en cas d'établissement interdépartemental, aux présidents de chacune des chambres d'agriculture intéressées.