Sous réserve de leurs compétences respectives, le directeur et l'agent comptable de chaque organisme de mutualité sociale agricole élaborent en commun un dispositif de contrôle interne et le mettent en place dans le but d'optimiser et de sécuriser les procédures liées à l'accomplissement des missions de l'organisme.
Le dispositif de contrôle interne permet de déterminer les actions à entreprendre sous le contrôle du directeur et de l'agent comptable, dans leur domaine de compétence respective, au travers de l'identification des risques inhérents aux missions confiées à l'organisme et dans le but de les maîtriser.
Pour faciliter l'élaboration et la mise en oeuvre des dispositifs locaux de contrôle interne, la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole établit et met à jour un guide commun des processus relatifs aux missions des organismes de mutualité sociale agricole et des risques associés ainsi que la méthodologie de contrôle interne.