La direction et l'administration de l'agence sont confiées à un directeur général nommé pour trois ans par décret pris sur proposition du ministre chargé de l'économie après consultation du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la coopération et du développement et du ministre chargé de l'outre-mer.
Le directeur général représente et engage l'agence. Il nomme le personnel et fixe les conditions de son emploi. Il est habilité à donner toute délégation nécessaire au fonctionnement de l'agence.