Le secrétariat du Conseil national des missions locales, de son bureau et de ses groupes de travail est assuré par un secrétaire général, assisté de collaborateurs qui peuvent le représenter dans les groupes de travail.
Le secrétaire général est nommé par le Premier ministre, sur proposition du ministre chargé de l'emploi.
Les crédits nécessaires au fonctionnement du conseil sont inscrits au budget du ministère chargé de l'emploi.