L'Etablissement français des greffes est soumis à un régime administratif, budgétaire, financier et comptable, et à un contrôle de l'Etat, adaptés à la nature particulière de ses missions et déterminés par voie réglementaire.
L'établissement est doté d'un conseil médical et scientifique. Ce conseil est consulté par le directeur sur toutes les questions de nature médicale et scientifique, confiées à l'établissement.