L'agence est administrée par un conseil d'administration composé, dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, outre de son président, pour moitié de représentants de l'Etat et pour moitié de représentants des associations agréées, de représentants des organisations professionnelles concernées, de personnalités qualifiées choisies en raison de leurs compétences dans les domaines relevant des missions de l'agence et de représentants du personnel. Elle est dirigée par un directeur général.
Le président du conseil d'administration et le directeur général sont nommés par décret.
Le conseil d'administration délibère sur les orientations stratégiques pluriannuelles, le bilan d'activité annuel, les programmes d'investissement, le budget et les comptes, les subventions éventuellement attribuées par l'agence, l'acceptation et le refus des dons et legs.
Le directeur général prend les décisions qui relèvent de la compétence de l'agence en application des articles L. 1335-3-1 et L. 1335-3-2.
Un conseil scientifique, dont le président est désigné par les ministres chargés de l'environnement et de la santé, veille à la cohérence de la politique scientifique de l'agence.
L'agence est soumise à un régime administratif, budgétaire, financier et comptable et à un contrôle de l'Etat adaptés à la nature particulière de sa mission, définis par le présent chapitre et précisés par décret en Conseil d'Etat.