Le président et le vice-président sont élus par l'ensemble des membres de la commission visés à l'article R. 726-11 au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. Nul ne peut être élu au premier tour s'il n'a obtenu la majorité absolue des électeurs. Au deuxième tour, la majorité relative suffit. En cas d'égalité des suffrages, le plus âgé des candidats est élu.
Un même praticien ne peut assurer les fonctions de président de la commission médicale d'établissement au-delà de deux mandats successifs ou de trois mandats successifs si la durée du premier, exercé à la suite de la cessation anticipée de fonctions d'un autre président, n'a pas excédé deux ans. Il peut à nouveau exercer ces fonctions après un intervalle de quatre ans.