La commission nationale formule, notamment au vu de l'analyse des avis rendus par les commissions régionales, des propositions visant à une application homogène du dispositif de réparation des conséquences des risques sanitaires. Elles sont élaborées à partir de l'examen du fonctionnement de ces commissions et de comparaisons portant sur les modalités d'accès aux commissions régionales et les avis qu'elles rendent.
Les propositions de la commission nationale sont adressées au ministre de la justice et au ministre chargé de la santé ainsi qu'aux commissions régionales.