Le conseil scientifique donne obligatoirement son avis sur les créations d'emplois, sur la politique de recherche de l'établissement, et notamment sur les contrats auxquels cette politique donne lieu ainsi que sur la structure des diplômes auxquels prépare l'établissement. Il propose la répartition des crédits de recherche au conseil d'administration qui ne peut modifier cette proposition que par une décision spécialement motivée.