Une indemnité de fonction, non soumise à retenue pour pension civile de retraite, est attribuée au président et aux membres titulaires de la commission d'indemnisation ; son montant est fixé par arrêté des ministres chargés du budget et de la santé.
Le président et les membres suppléants reçoivent une indemnité forfaitaire, dont le montant est fixé par le même arrêté, pour chaque réunion à laquelle ils suppléent les membres titulaires.