Le comité est consulté par le président du conseil d'administration ou par le directeur sur la politique de recherche de l'établissement en matière de contrôle contre le dopage. A cet effet, il donne son avis sur les orientations soumises au conseil d'administration et notamment sur le programme de recherche scientifique.
Il procède à l'évaluation des travaux scientifiques menés par l'établissement dans un rapport qui est annexé au rapport annuel d'activité.
Le conseil d'administration peut décider de transmettre à l'instance mentionnée à l'article L. 232-5 du code du sport les avis rendus par le comité d'orientation scientifique et toute information qu'il juge utile.