Les opérations de dépenses et de recettes du fonds sont soumises au contrôle financier de l'Etat dans les mêmes conditions que celles qui sont applicables à l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Le contrôleur financier de l'agence assiste, sans voix délibérative, aux réunions du comité d'orientation.