Le directeur général des Hospices civils de Lyon et le directeur général de l'Assistance publique-hôpitaux de Marseille sont nommés par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la santé, après avis du président du conseil d'administration. Assistés par un conseil exécutif dans les conditions prévues à l'article L. 6143-6-1, ils exercent, à l'égard de l'ensemble de leur établissement, les pouvoirs définis à l'article L. 6143-7.
Le directeur général est assisté par un secrétaire général et un directeur général adjoint. En cas de vacance du poste de directeur général, la personne chargée de son intérim est désignée par le ministre chargé de la santé.