Le directeur général de l'institut Gustave Roussy est assisté par un directeur de la recherche. Ses fonctions sont définies par arrêté des ministres chargés de la santé et de la recherche.

Le directeur de la recherche est nommé, pour une période de cinq ans renouvelable, par décision du directeur général de l'institut Gustave Roussy après avis du conseil d'administration.

Le directeur général de l'institut Gustave Roussy peut mettre fin par anticipation au mandat du directeur de la recherche après avis du président du conseil d'administration.