Le directeur général de l'institut Gustave Roussy est assisté par un directeur général adjoint. Ses fonctions sont définies par arrêté du ministre chargé de la santé.

Le directeur général adjoint est nommé, pour une période de cinq ans renouvelable, par décision du directeur général de l'institut Gustave Roussy après avis du conseil d'administration.

Le directeur général de l'institut Gustave Roussy peut mettre fin par anticipation au mandat du directeur général adjoint après avis du président du conseil d'administration.