Les actions menées dans le cadre du service sanitaire privilégient les thématiques relevant d'enjeux prioritaires de prévention en santé, notamment l'alimentation, l'activité physique, les addictions, la santé sexuelle.
Les objectifs pédagogiques, les compétences à acquérir, l'organisation générale et les modalités de mise en œuvre et de suivi du service sanitaire sont fixés par arrêté des ministres chargés de la santé, de l'enseignement supérieur et de la défense.