Le comité national identifie et priorise en tenant compte des besoins nationaux de santé et de l'accès aux soins le déploiement de nouveaux modes d'intervention auprès du patient ou de transferts d'activités, d'actes de soins ou de prévention entre professionnels de santé d'intérêt national, susceptibles de faire l'objet d'un protocole national.
En vue de l'élaboration d'un protocole national, le comité publie un appel à manifestation d'intérêt qui précise les éléments utiles à la rédaction et au modèle économique de celui-ci. Cet appel à manifestation d'intérêt est accessible sur une application en ligne dédiée du site internet du ministère chargé de la santé.
Le comité national sélectionne une ou plusieurs équipes candidates. Il apporte son appui à l'équipe de rédaction mentionnée au III de l'article L. 4011-3 pour l'élaboration collégiale du protocole national et de son modèle économique.
Le comité national transmet le projet de protocole national à la Haute Autorité de santé. Au regard de l'avis de celle-ci, le comité national peut proposer aux ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale d'autoriser ce protocole. Il rend également son avis sur le financement de ce protocole par l'assurance maladie.
Après autorisation par l'arrêté au III de l'article L. 4011-3, le protocole national est applicable sur l'ensemble du territoire par les équipes qui satisfont aux conditions de celui-ci et aux dispositions de l'article D. 4011-4.