Les usages d'eaux impropres à la consommation humaine sont intégrés dans les guides de bonnes pratiques d'hygiène établis par chaque filière du secteur alimentaire, en faisant apparaître les caractéristiques des différentes eaux, notamment des eaux brutes utilisées, et en précisant les traitements mis en œuvre.

L'autorité compétente pour procéder à l'évaluation de ces guides prévue par le règlement (CE) n° 852/2004 du 29 avril 2004 est le ministre chargé de l'agriculture.