Sous réserve de leur compétence respective, le directeur et l'agent comptable conçoivent et mettent en place, en commun, un dispositif de contrôle interne permettant de pallier les risques financiers inhérents aux missions confiées aux organismes de sécurité sociale.
Un contrôle par sondage de l'existence de procédure fiable de vérification des opérations et d'exactitude matérielle des calculs de liquidation peut être mis en place.
La mise à jour du dispositif de contrôle interne peut être effectuée par un service d'audit interne, éventuellement assuré par une structure intercaisses.