Le directeur général de l'établissement est nommé par décret, sur proposition du ministre chargé de l'intégration.
Il peut déléguer sa signature, pour l'exercice de certaines attributions, dans des conditions qu'il arrête, notamment en matière financière.
Sous le contrôle du conseil d'administration, le directeur général exécute les décisions de celui-ci, veille à l'exécution des conventions et accords prévus aux 1° et 2° de l'article D. 767-2 et à l'article D. 767-3. Il prononce la recevabilité à l'instruction des demandes de subventions, dans des conditions fixées par une décision du conseil d'administration.
En dessous de seuils financiers fixés par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'intégration, le directeur général attribue, dans le cadre du budget annuel mentionné à l'article D. 767-8, les subventions aux organismes, associations et collectivités locales.
Les décisions mentionnées à l'alinéa précédent sont soumises à la tutelle de l'Etat dans les conditions prévues à l'article D. 767-10 lorsqu'elles sont d'un montant supérieur à celui fixé par l'arrêté financier pris en application de l'article D. 767-24. Le directeur général en tient régulièrement informé le conseil d'administration.
Le directeur général gère l'établissement et organise les services ; il passe les marchés publics conclus pour les besoins des services et de l'activité de l'établissement en matière d'intervention. Il en rend compte au conseil d'administration.
Le directeur général a compétence pour ester en justice au nom de l'établissement et représente celui-ci dans tous les actes de la vie civile.
Après approbation du conseil d'administration, il conclut les transactions portant exclusivement sur le fonctionnement de l'établissement.