L'autorité qui a délivré l'agrément peut le retirer à tout moment, après avis du conseil d'orientation, en cas de méconnaissance des engagements souscrits par les parties à la convention, ou au vu des résultats de l'évaluation, ou lorsque le retrait d'un promoteur de l'action expérimentale est de nature à modifier substantiellement les conditions initiales de son déroulement.
En cas d'urgence, notamment pour des motifs de santé publique, l'agrément peut être retiré sans consultation préalable du conseil d'orientation.