Les membres du conseil d'orientation exercent leur fonction à titre gratuit. Toutefois, les rapporteurs perçoivent une indemnité par dossier dont le montant et les modalités de prise en charge sont fixés par arrêté du ministre chargé du budget, des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale et du ministre de l'agriculture.
Le même arrêté fixe les modalités selon lesquelles sont calculés et pris en charge les frais de déplacement et de séjour exposés par les membres du conseil d'orientation.