L'agent comptable de l'union régionale est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité, de l'ensemble des opérations financières et comptables de l'établissement. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les limites déterminées par un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.
L'agent comptable soumet au conseil le compte financier qu'il a établi.
En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par le fondé de pouvoir.