Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de la caisse mutuelle d'assurance maladie des cultes soit sur proposition de son président, de ses membres ou du directeur, soit sur l'initiative du ministre chargé de la sécurité sociale.
Le conseil d'administration établit le règlement intérieur de la caisse. Celui-ci est soumis à l'approbation du ministre chargé de la sécurité sociale.
Le conseil d'administration délibère sur le budget et les comptes annuels de la caisse mutuelle d'assurance maladie des cultes.
Il délibère également sur le rapport annuel du directeur relatif au fonctionnement administratif et financier de la caisse mutuelle d'assurance maladie des cultes et des correspondants locaux.
Le conseil d'administration émet un avis sur les questions dont il est saisi par le ministre chargé de la sécurité sociale ainsi que dans le cas où des textes particuliers prévoient sa consultation.