Les opérations de gestion font l'objet d'une évaluation annuelle. Un bilan annuel de l'exécution des conventions conclues en application de l'article R. 160-26 est établi par la Caisse nationale de l'assurance maladie, puis communiqué pour avis et observations à l'organisme délégataire. Le bilan définitif ainsi que les observations de l'organisme délégataire sont transmis au ministre chargé de la sécurité sociale et au ministre chargé du budget.

Les opérations de gestion peuvent donner lieu à un audit réalisé à l'initiative de la Caisse nationale de l'assurance maladie.

Les organismes auxquels sont confiées des opérations de gestion sont tenus de fournir à la caisse nationale mentionnée à l'alinéa précédent tous les documents nécessaires au contrôle et à l'évaluation des opérations de gestion.