Le secrétariat de l'Observatoire national sur la formation, la recherche et l'innovation sur le handicap est assuré par le secrétaire général du comité interministériel du handicap.

La direction générale de la cohésion sociale, la direction générale de la santé, la direction générale de l'offre de soins, la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques, la délégation générale à l'emploi et à la formation professionnelle, la direction de l'animation de la recherche, des études et des statistiques, la direction générale de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction, la direction générale de l'enseignement supérieur et la direction générale de la recherche et de l'innovation réalisent, chacune dans son domaine de compétences, les travaux prévus au programme de travail annuel.