Le comité régional est consulté, dans le cadre des orientations nationales fixées par le conseil d'administration, sur les priorités des programmes régionaux de l'agence.

Il est informé de la répartition des dotations financières entre les départements de la région et des conditions d'exécution des conventions pluriannuelles souscrites par l'agence dans le ressort de la région.

Il veille, sous l'autorité du préfet de région et, en Corse, du préfet de Corse, à la coordination des travaux de l'agence avec l'action des services de l'Etat et à l'optimisation de l'emploi des crédits dans les domaines d'intervention communs.