Il est créé un comité permanent, présidé par le président de l'agence qui le convoque et en fixe l'ordre du jour.

Outre le président, y participent avec voix délibérative un des administrateurs mentionnés au a du 1° de l'article R. 313-35-1, l'administrateur mentionné au b du 1° du même article ou leurs suppléants ainsi que l'une des personnalités mentionnées au 2° du même article.

Les membres du comité permanent sont nommés par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de l'économie et du logement.

Le comité permanent arrête le projet de programme annuel de contrôle mentionné au 3° de l'article R. 313-35-2 et examine le rapport annuel d'activité de contrôle mentionné au 4° du même article, antérieurement à leur présentation au conseil d'administration.

Il peut décider, si l'urgence le justifie, de compléter le programme annuel de contrôle en cours d'année, une information étant alors faite au conseil d'administration suivant de l'agence.

Il définit la doctrine en matière de contrôle et de suites à donner aux constatations.

Il approuve les rapports définitifs portant sur les contrôles effectués par l'agence. Au vu des rapports, il prépare les projets de délibérations soumis au conseil d'administration en application du 2° de l'article R. 313-35-2 et arrête les autres suites à donner aux contrôles. Il est informé des suites effectivement données aux rapports.

Il peut être consulté par le président de l'agence sur tout sujet.

Le directeur général et le membre du corps du contrôle général économique et financier participent avec voix consultative aux séances du comité permanent. Peuvent également participer à titre consultatif à tout ou partie des travaux du comité permanent des personnalités invitées par le président en raison de leur compétence.